El padre Francisco Pareja fue un misionero y lingüista español. La investigación maneja muy pocos datos sobre la vida de este autor: parece que nació en la segunda mitad del siglo XVI en Auñón, una pequeña localidad del suroeste de la provincia de Guadalajara (España) –en muchos escritos se alude al nacimiento en Toledo del padre Pareja, afirmación que debe entenderse como referencia al Reino de Toledo, región histórica de la Castilla medieval y del Siglo de Oro, que abarcaba gran parte de las actuales comunidades de Madrid y Castilla-La Mancha, y al Arzobispado de Toledo, circunscripción eclesiástica que, en la época, superaba incluso los límites de ese Reino–. Se desconoce dónde recibió su formación y en qué localidad hizo su profesión de fe. En torno a 1593-1595 arribó como misionero franciscano al extremo más septentrional de la costa oriental de la península de Florida, desembarcando en la localidad de San Agustín; desde allí se trasladó hacia una zona pantanosa más al norte (en las cercanías de la actual ciudad de Jacksonville), donde desarrolló su labor evangelizadora entre los aborígenes timuquanos. Más tarde, pasó a dirigir el monasterio de la Inmaculada Concepción de San Juan (localidad en la que había desembarcado) y, tras la fundación de la provincia franciscana de Santa Elena en 1613, fue su primer superior. Después de permanecer en el norte de Florida por espacio de más de treinta años, Pareja se trasladó a la Ciudad de México, donde murió en 1628.
Su labor filológica es un claro exponente de la lingüística misionera: además de numerosos catecismos, publicó en 1614 su Arte y pronunciación en la lengua timuquana y castellana. No obstante, parece que esa versión, impresa en México –además, de muy escasa tirada–, no fue la definitiva: el padre Pareja continuó ampliando esta obra hasta que lo sorprendió la muerte. Todos estos materiales, lo impreso y lo manuscrito, fueron localizados en un convento de Toledo (España) por Charles Leclerc (1843-1889), americanista francés y editor de la Bibliotheca Americana, en 1882; los también americanistas franceses, Lucien Adam (1833-1918) y Julien Vinson (1843-1926 o 1927) reunieron estos materiales y los publicaron en París en 1886 dentro de la colección dirigida por Leclerc.